Telltale Games zakończyło drugi sezon Batman: Wrogowie Wewnątrz. Niezależnie od tego, jak zakończy się sezon, będzie to wybuchowe, emocjonalne i krwawe zakończenie zarówno dla Batmana, jak i Jokera. Szybkie podsumowanie wydarzeń dla tych, którzy nie śledzili gry przez cały sezon, zawiera krótkie podsumowanie wyjaśnionych zakończeń Batman: Wrogowie Wewnątrz właśnie tutaj.

Sezon rozpoczyna się od terroryzowania przez Człowieka-Zagadkę określonych osób w przestępczym podziemiu Gotham. Batman angażuje się i udaje mu się ujarzmić Człowieka-Zagadkę po tym, jak Człowiek-Zagadka zabija Lucjusza Foxa. Człowiek-Zagadka zostaje zabity zaraz po tym, jak Batman powstrzymuje go przed wystrzeleniem ukierunkowanych rakiet w Gotham. Choć owiana jest tajemnicą, kto zabił Człowieka-Zagadkę, później okazuje się, że córka Lucjusza, Tiffany, użyła jednego ze swoich dronów z zatrutą strzałką, aby zabić Człowieka-Zagadkę, aby zemścić się na nim za zabicie jej ojca.

Tak na marginesie, to od tego, jak Bruce traktuje Tiffany, zależy, czy połączy się ona z Amandą Waller jako agentka, czy też dołączy do Batmana jako pomocnik.

Przez cały sezon Batman musi wybierać pomiędzy byciem Mrocznym Rycerzem a byciem Brucem Wayne’em, przy czym ten ostatni jest zmuszony przez Amandę Waller z Agencji do działania pod przykrywką jako przestępca w grupie znanej jako The Pact, w skład której wchodzą Harley Quinn, Mr. Freez i Bane. Waller wykorzystuje tożsamość Batmana/Bruce’a Wayne’a, aby nakłonić go do pracy dla niej.

Pakt zwiększa swój terror w Gotham po zabiciu Człowieka-Zagadki, ponieważ okazuje się, że Harley Quinn chce zdobyć serum na wirusa, które można zastosować, aby zapobiec zapadaniu na choroby psychiczne, takie jak jej ojciec. Tylko Człowiek-Zagadka miał dostęp do serum, ale wraz z jego śmiercią Harley nie miał szczęścia.

Bruce pozostaje pod przykrywką Paktu, aby od wewnątrz pokrzyżować ich plany. Współpracuje z innym członkiem Paktu, Johnem Doe, którego poznał w Arkham Asylum w pierwszym sezonie.

John jest niezrównoważony psychicznie, ale polubił Bruce'a po tym, jak obaj pomagali sobie nawzajem podczas zamieszek, gdy byli w Arkham Asylum. W zależności od tego, czy Batman/Bruce jest miły i ufny wobec Johna, określa to, jak się on rozwija.

Podczas gdy Bruce i John są częścią Paktu, w skład którego wchodzą Harley, Bane i Mr. Freeze, John zakochuje się w Harley i robi wszystko, aby ją zadowolić. Stara się pomóc Bruce'owi, jednocześnie wykonując zadania postawione przed nim przez Harleya.

W końcu wszystko zaczyna się psuć, a Pakt imploduje, gdy Amanda Waller atakuje ich za pomocą Agencji. Kulminacją sytuacji między Harleyem a Agencją jest konflikt na moście, podczas którego Harley grozi, że użyje śmiercionośnego wirusa na wszystkich na moście.

Kluczowy moment ma miejsce, gdy zarówno John, jak i Bruce chcą dostać się do Harleya, ale garstka agentów Wallera ginie, a John pyta Bruce'a, czy ufa, że ​​nie zabił agentów z zimną krwią. Jeśli Bruce zaufa Johnowi, wówczas obaj połączą siły, aby zatrzymać Harleya na moście, ale Waller zdradza Johna, a John w końcu skacze z mostu, aby uniknąć śmierci. Jeśli Bruce zdecyduje się nie ufać Johnowi, John zejdzie na głęboką wodę i oskarża Bruce'a/Batmana o zdradę jego zaufania i wykorzystanie go jedynie jako środka do powstrzymania Paktu. John pójdzie na most, ale zamiast zatrzymać Harleya, duet współpracuje, aby wysadzić most i objąć się w pocałunku, zanim zeskoczy z mostu.

Finał rozgrywa się na dwa drastycznie różne sposoby, w zależności od tego, jak rozwinęła się relacja Bruce'a i Johna w trakcie sezonu. Jeśli Bruce i John połączą siły jako strażnicy, John zmieni imię na Joker. Waller w końcu wyznacza cel dla nich obojga, obawiając się, że John nadal stanowi zagrożenie, co powoduje, że Batman i Joker współpracują, aby pokonać prowizoryczny Oddział Samobójców Wallera, składający się z Bane'a, Harleya i Kobiety-Kota.

Batman zostaje poważnie ranny podczas spotkania, gdy Joker rzuca się na głęboką wodę, używając materiałów wybuchowych, próbując zabić Wallera, powodując zawalenie się dachu, gdy Batman próbuje powstrzymać wybuch bomb.

Kobieta-Kot ostatecznie pomaga Batmanowi, który jest bliski śmierci po tym, jak został przebity przez upadek. Joker łapie Waller podczas chaosu na dachu i próbuje zmusić ją do przyznania się do śmierci Człowieka-Zagadki, nie wiedząc o tym, że Tiffany faktycznie zabiła Człowieka-Zagadkę. Ciężko ranny Batman mierzy się z Jokerem w fabryce Ace Chemicals, gdzie Batmanowi udaje się uratować Wallera i Tiffany podczas starcia z Jokerem. Kilku agentów próbuje ujarzmić Jokera, ale on zabija ich nożami. Podczas walki Joker wykorzystuje wiele taktyk i technik, których nauczył się od Batmana podczas wspólnego treningu, w wyniku czego Batman odnosi jeszcze większe obrażenia, gdy obaj toczą ostateczną, krwawą konfrontację z użyciem noży i batarangów.

Na trasie złoczyńcy Joker i Harley łączą siły, aby terroryzować Gotham. Harley nadal chce serum i postanawia wykorzystać wirusa jako sposób na wykupienie bezpieczeństwa Gotham w zamian za serum. Chce też śmierci Batmana. Joker wie, że nie ma serum i że Bruce Wayne to tak naprawdę Batman, ale postanawia ukryć przed nią tę informację, aby pozostać blisko niej. Obaj zabijają – Harley z zamiarem zdobycia serum, a Joker robi to, aby zemścić się na Bruce'u za zdradę ich przyjaźni.

Joker opracowuje skomplikowany plan torturowania Bruce'a z powodu jego zdrady, pojmania Jima Gordona i zmuszenia go do zwabienia Batmana w pułapkę. W zamian Joker daje Gordonowi mapę Gotham, na której znajdują się wszystkie bomby zawierające wirusa. Jednak Joker strzela Gordonowi w kolana, więc nie może zbyt szybko zatrzymać bomb. Joker zdejmuje Bruce'owi zbroję Batmana, a następnie każe Bruce'owi przejść przez zabawny dom, w którym schwytano Selinę, Tiffany i Alfreda. Joker zmusza ich do gry opartej na zaufaniu, aby móc ukarać Bruce'a za zdradę.

Bruce i Selina udaje się walczyć z Harleyem i Jokerem. Bruce i Joker walczą w całym wesołym miasteczku, a Jokerowi udaje się kilka razy dźgnąć Bruce'a, zanim zostaje znokautowany. Bruce próbuje wskrzesić Jokera po tym, jak myślał, że zabił Jokera, ale Joker się obudził i dźgnął Bruce'a w bok. Oboje leżeli na ziemi, gdzie Bruce mówi Jokerowi, że złamał mu serce, zamieniając ich przyjaźń w coś brzydkiego, ale Joker odkrywa, że ​​skoro nie mogli być przyjaciółmi, byliby pięknymi wrogami.

W zakończeniu złoczyńcy Jokera można zobaczyć w Arkham Asylum bawiącego się lalką, którą zrobił z Bruce'a, nakładając na nią szminkę i rozmawiając ze sobą. W zakończeniu Vigilante Jokera można zobaczyć w Arkham Asylum, ale niespodziewanie odwiedza go Bruce Wayne, co wywołuje uśmiech na jego twarzy.

W obu zakończeniach Alfred stwierdza, że ​​ma dość Batmana i postanawia odejść. Bruce ma do wyboru albo porzucić Alfreda, aby móc dalej walczyć z przestępczością jako Batman, albo porzucić bycie Batmanem, aby Alfred został.