Podobnie jak poprzedni Pięć nocy u Freddy'ego w grach gracze wcielają się w strażnika pracującego na nocną zmianę w siostrzanej lokalizacji oryginalnej pizzerii Freddy'ego Fazbeara. W siostrzanej lokalizacji znajdują się nowe animatroniki Funtime na potrzeby pokazów Funtime Auditorium.

Podobnie jak w innych grach, gracz musi przetrwać pięć nocy. Każdej nocy strażnik staje w obliczu pewnych problemów, gdy niektóre animatroniki zaczynają ożywać, na czele z Ballorą, nową animatroniką baletnicą.

Nocny stróż zostaje ostrzeżony przed Ballorą przez innego ożywionego animatronika, Circus Baby. Wyjaśnia mu, w jaki sposób została opętana i że często próbują „naprawić” animatrony, „wybierając” je w pokoju czerpania. Wiąże się to z wyjęciem ich endoszkieletu i umieszczeniem ich w nowej jednostce. Jednak Circus Baby wyjaśnia, że ​​nawet po wizycie w pokoju czerpania nadal są zepsute.

Okazuje się, że Funtime Freddy, Funtime Foxy i Ballora – wraz z kilkoma innymi osobami – zabijali ludzi w Funtime Auditorium. Czwartej nocy, kiedy dwóch mechaników przychodzi naprawić Ballorę, ona i Foxy zabijają ich i wieszają na scenie, na której zwykle występują.

Circus Baby namawia nocnego stróża, aby spróbował „naprawić” ją w pomieszczeniu naprawczym. Po wyjęciu chipa Circus Baby, Baby przekonuje nocnego strażnika, aby udał się do pokoju czerpania, ale zostaje zatrzymany przez Ballorę, która próbuje go zabić. Strażnik nie ma jak się bronić, ponieważ wszystkie światła są zgaszone, ale Baby przekonuje Ballorę, że nocny strażnik jest tam, aby im pomóc i pozwolić mu żyć.

Następnie strażnik jest kierowany przez ciemność do pokoju czerpania, gdzie Circus Baby ujawnia swój wielki plan: ponieważ menedżerowie ciągle zbierają animatroniki po tym, jak ludzie mają wypadki lub giną wokół nich, animatroniczne kukiełki zdecydowały, że będą musiały uciec, ale nie mogły nie rób tego w garniturach. Circus Baby wpadł na pomysł przekonania nocnego stróża, aby jej pomógł, a ona w zamian pomogła mu przetrwać. Jednak po tym, jak nocny stróż dociera do pokoju zgarniającego, Baby używa czerpaka, aby wypatroszyć nocnego stróża i przejąć jego ciało.

Gra kończy się pokazanie nocnego stróża w domu, patrzącego w lustro. Zanim gra ucichnie i pojawią się napisy końcowe, oczy strażnika rozjaśniają się, ujawniając, że jest opętany przez Circus Baby.

W jednym z sekretnych zakończeń, jak nagrał RabidRetrospectGames, nocny strażnik może wejść do prywatnego pokoju przez Funtime Auditorium, zamiast udać się do pokoju czerpania piątej nocy. Jeśli wszystko się powiedzie, strażnik trafi do prywatnego pokoju wyposażonego w monitory i panele bezpieczeństwa, które chronią animatorów przed dostępem.

Odtwarzany jest osobny fragment wskazujący, że nocny stróż zostanie następnego dnia zwolniony za wejście do prywatnego pokoju, ale najpierw musi przetrwać noc w walce z animatronikami, które po niego przychodzą, zwłaszcza tymi, które teraz czują się zdradzone.

Pod koniec zmiany strażnik wraca do domu i zaczyna oglądać telewizję. Jednakże, po obejrzeniu jego programu, jeden z animatroników z pokoju czerpania podąża za nim do domu i idzie przed nim, gdy ekran robi się czarny.

Niektóre teorie głoszą, że Ennard przejął głos Baby po tym, jak poszła do pokoju czerpania i próbował zwabić nocnego stróża do pokoju czerpania, aby przejąć jego ciało. Wyjaśniono, że oczy nocnego stróża odzwierciedlają oczy Ennarda, gdy patrzy w lustro, a nie oczy Baby.